机械购置成本和运输、装配、拆卸成本高，机械设计制造时间长，初投资高，不适用于短隧道。
在施工过程中，改变开挖的直径和形状是不容易的。
地质的适应性是有限的。目前虽然正在开发全地质型的掘进机机种，但仍不能满足这一要求，软弱围岩存在许多问题;对于硬岩，当强度超过200MPa时，刀具成本急剧增加，开挖速度下降。
